סיפורו של הכותל המערבי מתחיל, במה שמסתתר מאחוריו: גבעה טרשית ושמה הר המוריה, אשר נתכסתה לפני 2,000 שנה בידי אדם, ומאז לא נראתה עוד. הר המוריה, לפי המסורת היהודית, הוא המקום בו התרחשו אירועים מכוננים בהיסטוריה של עם ישראל. על פי המסורת, החלה בריאת העולם מאבן השתייה אשר בפסגת ההר – ממנה הושתת ונברא העולם, ושם גם נברא האדם הראשון.
כאשר נצטווה אברהם אבינו להעלות את בנו יצחק לעולה, עלו האב ובנו אל "המקום אשר יבחר ה'" – הר המוריה, ואל פסגתו, אבן השתייה – שם התרחש סיפור העקדה. גם חלומו של יעקב, אודות הסולם שמלאכים עולים ויורדים בו, קשור בהר. במרוצת השנים נבנה סביב האבן קודש הקודשים – מרכזו וליבו של בית המקדש הראשון והשני.